L'un des problèmes épineux du Vedanta est la relation de l’atman avec les trois gunas de la prakriti. Bien que conditionné par les gunas matériels, l’atman n’entre jamais en contact avec eux.
Toute connaissance accumulée, valide et invalide, est un produit de l'esprit (mano-vritti). Shri Kapiladeva dit qu'il existe cinq types de vrittis.
Comme la nature de l’atman est jnana, il est auto-lumineux. Le « je » intrinsèque de l’atman est appelé ahamartha et n'est pas la même chose que le « je » conditionnel appelé ahankara, qui est projeté à travers l'esprit pour former un nœud entre l’atman et un corps matériel. L’ahankara est tangible comme l'illusion selon laquelle un corps matériel serait le vrai soi.
Les adeptes de l’advaita-vada proposent des citations faisant autorité : « C'est ce qui se situe dans la conscience », « La conscience accomplit le sacrifice », « Sa forme intrinsèque est la conscience ».
L’atman est nitya-nirmala, toujours pur. Cela signifie qu'il ne se mélange jamais avec les qualités (gunas) de la matière (prakriti), il est toujours distinct de la matière et ne la touche jamais.
Le premier verset de cette citation décrit ce que l’atman n'est pas : ce n'est pas le corps physique, ni l'esprit, ni l'intelligence, ni l'air vital ou l'ego car il est le témoin de tout cela, et le témoin est distinct de ce qui est observé.
Les différentes écoles de philosophie et de théologie indiennes présentent différentes doctrines concernant l'action, la jouissance et la connaissance de l’atman, le soi individuel.
